學(xué)院擁有制藥工程、藥物制劑、藥學(xué)三個本科專業(yè)。其中制藥工程專業(yè)起源于1953年建校初期設(shè)立的化學(xué)制藥（工學(xué)）專業(yè)，是國內(nèi)最早創(chuàng)辦的同類專業(yè)；2008年1月入選教育部特色專業(yè)；2010年5月入選教育部首批“卓越工程師計劃”試點專業(yè)；2012年入選教育部專業(yè)綜合改革試點，同年獲批與上海醫(yī)藥集團共建國家級工程實踐教育中心，并首家通過制藥工程專業(yè)國家工程教育專業(yè)認證。已為我國制藥領(lǐng)域培養(yǎng)了大批工程師、企業(yè)家和科學(xué)家。2019年制藥工程專業(yè)獲準進入首批國家級一流本科專業(yè)建設(shè)行列。

      藥學(xué)專業(yè)于2005年獲教育部批準，2006年正式招生。藥物制劑專業(yè)已于2021年并入藥學(xué)專業(yè)招生。該專業(yè)以化學(xué)和生物學(xué)兩大學(xué)科為基礎(chǔ)，目標是為祖國制藥工業(yè)和藥物研究機構(gòu)培養(yǎng)具有扎實藥學(xué)基礎(chǔ)理論和基本技能的、能夠從事創(chuàng)新藥物研究的專門技術(shù)人才。2019年藥學(xué)專業(yè)獲準進入首批國家級一流本科專業(yè)建設(shè)行列。該專業(yè)于2023年首次通過專業(yè)認證。