制藥工程系主要負(fù)責(zé)制藥工程和藥物制劑2個本科專業(yè)的教學(xué)組織。其學(xué)科支撐有制藥工程與技術(shù)博士點(diǎn)、藥物化學(xué)博士點(diǎn)、制藥工程碩士點(diǎn)、藥學(xué)碩士點(diǎn)、制藥工程工程碩士點(diǎn)及制藥工程與過程化學(xué)教育部工程研究中心。
　　制藥工程專業(yè)的前身“化學(xué)制藥（工學(xué)）”專業(yè)是1952年建校時的五大專業(yè)之一，是國內(nèi)設(shè)置最早的同名專業(yè)，1953年開始招生，1998年教育部專業(yè)調(diào)整更名為制藥工程專業(yè)，2006年獲選為學(xué)校六大品牌專業(yè)進(jìn)行重點(diǎn)建設(shè)，2008年1月獲選為教育部第二批高等學(xué)校特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，現(xiàn)為教育部高等學(xué)校制藥工程專業(yè)教學(xué)指導(dǎo)分委員會的主任單位，牽頭起草了我國《制藥工程專業(yè)規(guī)范》。本專業(yè)師資力量雄厚，具有豐富的教學(xué)和科研經(jīng)驗(yàn)，教學(xué)水平居國內(nèi)一流，半個多世紀(jì)以來，已為國家培養(yǎng)了包括中國科學(xué)院院士周俊、國家中藥制藥工程中心主任沈平孃等在內(nèi)的超過3000名制藥領(lǐng)域的優(yōu)秀人才，為我國制藥工業(yè)的發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。本專業(yè)涉及化學(xué)制藥、中藥制藥、生物制藥、農(nóng)藥制藥等領(lǐng)域，均屬于國家重點(diǎn)發(fā)展的行業(yè)，在國計民生中占有重要地位。本專業(yè)的目標(biāo)是培養(yǎng)既具有扎實(shí)的藥學(xué)專業(yè)知識，又具有較強(qiáng)的工藝放大和工程設(shè)計能力，既能從事藥物的研究開發(fā)，更擅長從事制藥企業(yè)工程技術(shù)管理工作的高級制藥工程技術(shù)人才。
　　藥物制劑專業(yè)設(shè)立于1993年，1994年開始招生。本專業(yè)擁有一支精干且富有經(jīng)驗(yàn)的教學(xué)和科研隊伍。目標(biāo)是培養(yǎng)既能從事藥物的劑型研究開發(fā)和工藝設(shè)計，又擅長制劑企業(yè)技術(shù)管理的工程技術(shù)人才。自成立以來，已培養(yǎng)畢業(yè)生400余名，普遍受到用人單位的歡迎和好評。