發(fā)展歷程：

■ 1953年秋，新設(shè)化學(xué)制藥工學(xué)專業(yè)（四年制本科），招收新生約60名（分2個(gè)班級(jí)）。隸屬有機(jī)工業(yè)系。

■ 1955年，秋季新生改為五年制本科。

■ 1966年“文革”爆發(fā)，停止招生。

■ 1972年改名為化學(xué)制藥專業(yè)，開始招收“工農(nóng)兵學(xué)員”（三年制），共5屆。隸屬有機(jī)工業(yè)系。

■ 1977年12月恢復(fù)高考，1978年3月33名（編1個(gè)班級(jí)）化學(xué)制藥專業(yè)新生入學(xué)，為1977級(jí)，四年制本科。隸屬有機(jī)工業(yè)系，簡(jiǎn)稱“有機(jī)系”。

■ 1978年秋季，化學(xué)制藥專業(yè)招新生62名（與77級(jí)同年入學(xué)）。

■ 1979年秋，因我校四川分院撤銷，其1977級(jí)在讀的40名農(nóng)藥專業(yè)中的23人轉(zhuǎn)入總院化學(xué)制藥專業(yè)繼續(xù)學(xué)業(yè)，編為“藥72班”。

■ 1981年5月，有機(jī)工業(yè)系改名應(yīng)用化學(xué)系，轄染料及中間體、化學(xué)制藥、感光材料、生物化學(xué)工程、生物化學(xué)5個(gè)專業(yè)。

■ 1982年5月，生物化學(xué)工程、生物化學(xué)2個(gè)專業(yè)獨(dú)立，建立生化工程系，原應(yīng)用化學(xué)系改名精細(xì)化工系。不久，系的建制亦稱學(xué)科，涵蓋教研組、研究所（如精細(xì)化工研究所）、科技創(chuàng)收實(shí)體。

■ 1993年，新設(shè)藥物制劑專業(yè)（翌年招收新生），隸屬精細(xì)化工系（學(xué)科）。1994年6月成立藥物化工研究所。

■ 1996年，化學(xué)制藥專業(yè)改名制藥工程專業(yè)。

■ 1997年1月，成立制藥工程學(xué)院，轄藥物制劑專業(yè)、藥物化工研究所。注：該學(xué)院之后幾年的建制不了了之，1998年后藥物制劑專業(yè)一度歸在化學(xué)與制藥學(xué)院麾下。

■ 1997年7月10日，成立制藥工程與精細(xì)化工學(xué)院（制藥工程專業(yè)隸屬于該院），與制藥工程學(xué)院的關(guān)系為“兩塊牌子、一套班子”。

■ 1998年11月18日，理學(xué)院的化學(xué)類系所、制藥工程與精細(xì)化工學(xué)院、基礎(chǔ)教育學(xué)院的各化學(xué)類教研組合并，成立化學(xué)與制藥學(xué)院。

■ 1998年12月，成立制藥工程系（轄制藥工程專業(yè)），隸屬化學(xué)與制藥學(xué)院。此乃“學(xué)院-系（所）-專業(yè)”之架構(gòu)所設(shè)。

■ 2004年9月，藥學(xué)院成立，聘中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所蔣華良研究員任院長(zhǎng)（兼）、國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理局副局長(zhǎng)任德權(quán)任名譽(yù)院長(zhǎng)（兼）。

■ 2005年1月，陸兵任藥學(xué)院直屬黨支部書記。

■ 2005年12月，藥學(xué)本科新專業(yè)獲批招生。

■ 2006年3月，制藥工程系從化學(xué)與制藥學(xué)院（與此同時(shí)，該院改名為化學(xué)與分子工程學(xué)院，簡(jiǎn)稱“化分學(xué)院”）整體劃歸藥學(xué)院。6月，藥物科學(xué)系成立（9月，該系新設(shè)的藥學(xué)專業(yè)新生入學(xué)）。12月，藥學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心成立。

■ 2005年1月，上海市化學(xué)生物學(xué)（芳香雜環(huán)）重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（藥物化工研究所）整體進(jìn)入藥學(xué)院；2月，中藥現(xiàn)代化工程中心成立；4月，自設(shè)化學(xué)生物技術(shù)與工程二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)。

■ 2006年1月，新增藥物化學(xué)和農(nóng)藥學(xué)兩個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，新增藥學(xué)、中藥學(xué)和植物保護(hù)三個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。

■ 2007年10月，制藥工程與過程化學(xué)教育部工程研究中心獲批建設(shè)。

■ 2008年1月，制藥工程專業(yè)入選教育部特色專業(yè)。

■ 2009年6月，華東理工大學(xué)GMP研究中心成立（隸屬藥學(xué)院）。10月，藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士后科研流動(dòng)站獲批設(shè)立。

■ 2010年5月，制藥工程專業(yè)入選教育部首批“卓越工程師計(jì)劃”試點(diǎn)。10月，新增藥學(xué)、中藥學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)

■ 2011年3月，獲得藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)。9月，組建首個(gè)“制藥工程卓越工程師”班。11月，上海市新藥設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（籌）獲批建設(shè)。

■ 2012年6月，獲批與上海醫(yī)藥集團(tuán)共建國(guó)家級(jí)工程教育實(shí)踐中心。10月，植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科博士后科研流動(dòng)站獲批設(shè)立。

■ 2012年，制藥工程專業(yè)通過了全國(guó)工程教育專業(yè)認(rèn)證（有效期六年），成為全國(guó)第一個(gè)通過工程教育認(rèn)證的制藥工程專業(yè)。

■ 2015年9月21日，蔣華良辭去藥學(xué)院院長(zhǎng)職務(wù)，宋恭華任院長(zhǎng)（兼）。

■ 2016年，教育部第四輪學(xué)科評(píng)估藥學(xué)學(xué)科進(jìn)入B+行列。

■ 2017年，藥理學(xué)與毒理學(xué)進(jìn)入ESI全球?qū)W科排名前1%。

■ 2018 年，制藥工程專業(yè)再次通過中國(guó)工程教育專業(yè)認(rèn)證。

■ 2019年，農(nóng)業(yè)科學(xué)進(jìn)入ESI全球?qū)W科排名前1%。

■ 2019年，制藥工程專業(yè)和藥學(xué)專業(yè)獲準(zhǔn)進(jìn)入首批國(guó)家級(jí)一流本科專業(yè)建設(shè)行列。同年，我校與上海醫(yī)藥集團(tuán)共建綠色制藥創(chuàng)新轉(zhuǎn)化中心。

■ 2020年9月，藥學(xué)院于生物工程學(xué)院合辦生物醫(yī)藥工科試驗(yàn)班，首次招收本科生。

■ 2021年，新增植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)及生物與醫(yī)藥專業(yè)學(xué)位博士授權(quán)點(diǎn)。

■ 2021年，藥物制劑專業(yè)與藥學(xué)專業(yè)合并為藥學(xué)專業(yè)進(jìn)行招生（招生規(guī)模4個(gè)班，約120人）。

■ 2021年，“現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)聯(lián)合學(xué)院”入選上海市首批現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)學(xué)院。

■ 2022年1月，“現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)聯(lián)合學(xué)院”入選全國(guó)首批教育部現(xiàn)代產(chǎn)業(yè)學(xué)院。9月，“本博”貫通計(jì)劃獲批實(shí)施。12月，藥學(xué)專業(yè)參加藥學(xué)專業(yè)認(rèn)證（有效期六年）。