華東理工大學藥學院成立于2004年9月，由華東理工大學與中國科學院上海藥物研究所合作共建。中國科學院上海藥物研究所蔣華良院士任首任院長。
       學院下設藥物科學系、制藥工程系、藥學實驗教學中心、藥物化工所、GMP研究中心等部門，擁有上海市化學生物學重點實驗室、上海市新藥設計重點實驗室、上海市細胞代謝光遺傳學技術前沿科學研究基地、制藥工程與過程化學教育部工程研究中心、國家工程教育實踐中心、現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)聯(lián)合學院等國家或省部級平臺，研究內(nèi)容涵蓋了化學藥物、生物藥物、天然藥物、農(nóng)藥和制藥工程五個領域。
      學院依托華東理工大學在化學工程、制藥工程、生物工程等領域的傳統(tǒng)優(yōu)勢，結合中國科學院上海藥物研究所的創(chuàng)新藥物研究實力，理工融合，在教學科研和學科建設中創(chuàng)特色學科，造精品專業(yè)，辦名牌學院。學院以“良藥苦口、忠言逆耳”為院訓，積極進取、敢為人先、創(chuàng)制良藥。
      學院師資力量雄厚，現(xiàn)有專任教師100 名（其中博士后人員15名），正高36名、副高 40 名、博士生導師 46 名（其中兼職導師12名）；學院擁有一批杰出的高層次教學科研人才，現(xiàn)有包括中國工程院院士在內(nèi)的國家級重點人才15人、省部級人才稱號獲得者40人。

學院擁有藥學和植物保護一級學科博士點，制藥工程與技術二級學科博士點；藥學、植物保護一級學科碩士點以及制藥工程與技術二級學科碩士點；其中藥學為上海高校一流學科，農(nóng)藥學為上海市重點學科。學院擁有藥學、植物保護兩個博士后科研流動站，設有生物與醫(yī)藥工程博士和工程碩士以及藥學專業(yè)碩士等專業(yè)學位點。

學院擁有制藥工程、藥物制劑、藥學三個本科專業(yè)。其中制藥工程專業(yè)起源于1953年建校初期設立的化學制藥（工學）專業(yè)，是國內(nèi)最早創(chuàng)辦的同類專業(yè)；2008年1月入選教育部特色專業(yè)；2010年5月入選教育部首批“卓越工程師計劃”試點專業(yè)；2012年入選教育部專業(yè)綜合改革試點，同年獲批與上海醫(yī)藥集團共建國家級工程實踐教育中心，并首家通過制藥工程專業(yè)國家工程教育專業(yè)認證。已為我國制藥領域培養(yǎng)了大批工程師、企業(yè)家和科學家。2019年制藥工程專業(yè)和藥學專業(yè)獲準進入首批國家級一流本科專業(yè)建設行列 。    

自建院以來，學院累計承擔著國家自然科學基金、科技部973計劃、863計劃、衛(wèi)生部、總后勤部“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項、國家重點研發(fā)計劃、教育部創(chuàng)新引智工程、國基金重點項目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項等國家和省部級科研項目400余項。累計科研經(jīng)費到款約4.5億元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS, J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed., J. Med. Chem.等本領域國際頂級刊物發(fā)表研究論文60余篇，共計申請專利440余項，獲授權專利217項。已取得以國家科技進步二等獎，教育部自然科學一等獎，上海市自然科學一等獎為代表的27項獲獎科研成果。在成果轉(zhuǎn)讓方面，近五年來，已有2個農(nóng)藥創(chuàng)制品種獲得農(nóng)藥登記證并成功轉(zhuǎn)化，6項新藥轉(zhuǎn)讓項目合同金額超過1000萬元，其中3項合同金額超過1億元。

       學院充分發(fā)揮海歸人才優(yōu)勢，積極開展國際合作和學術交流活動。學院自成立以來，已與加拿大多倫多大學藥學院、德國維爾茨堡大學藥學與食品化學研究所、英國阿爾斯特大學藥學院，英國薩里大學，新西蘭奧克蘭大學等建立了合作關系，與英國薩里大學，阿爾斯特大學，克蘭菲爾德大學等建立了3+1學生交流項目；并與英國牛津大學，美國康奈爾大學，英國鄧迪大學，英國伯明翰大學，加拿大不列顛哥倫比亞大學等建立了寒暑期短期交流項目；參與了法國化學工程師聯(lián)盟FGL3+3項目；先后邀請了美國新墨西哥大學、英國貝爾法斯特女王大學、日本京都大學、韓國明知大學等校的著名學者前來上課，并合作培養(yǎng)學生。負責承辦了多次國際學術研討會，提高了學院和學校的知名度。學院于2006年11月獲得教育部和國家外國專家局資助，建設學科創(chuàng)新引智基地（簡稱“111”計劃），并于2019年順利進入升級版，獲得滾動支持，為國際合作和科研創(chuàng)新提供了平臺。