華東理工大學(xué)藥學(xué)院成立于2004年9月，由華東理工大學(xué)與中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所合作共建。中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所蔣華良院士任首任院長(zhǎng)。
       學(xué)院下設(shè)藥物科學(xué)系、制藥工程系、藥學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、藥物化工所、GMP研究中心等部門(mén)，擁有上海市化學(xué)生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、上海市新藥設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、上海市細(xì)胞代謝光遺傳學(xué)技術(shù)前沿科學(xué)研究基地、制藥工程與過(guò)程化學(xué)教育部工程研究中心、國(guó)家工程教育實(shí)踐中心、現(xiàn)代生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)聯(lián)合學(xué)院等國(guó)家或省部級(jí)平臺(tái)，研究?jī)?nèi)容涵蓋了化學(xué)藥物、生物藥物、天然藥物、農(nóng)藥和制藥工程五個(gè)領(lǐng)域。
      學(xué)院依托華東理工大學(xué)在化學(xué)工程、制藥工程、生物工程等領(lǐng)域的傳統(tǒng)優(yōu)勢(shì)，結(jié)合中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所的創(chuàng)新藥物研究實(shí)力，理工融合，在教學(xué)科研和學(xué)科建設(shè)中創(chuàng)特色學(xué)科，造精品專(zhuān)業(yè)，辦名牌學(xué)院。學(xué)院以“良藥苦口、忠言逆耳”為院訓(xùn)，積極進(jìn)取、敢為人先、創(chuàng)制良藥。
      學(xué)院師資力量雄厚，現(xiàn)有專(zhuān)任教師100 名（其中博士后人員15名），正高36名、副高 40 名、博士生導(dǎo)師 46 名（其中兼職導(dǎo)師12名）；學(xué)院擁有一批杰出的高層次教學(xué)科研人才，現(xiàn)有包括中國(guó)工程院院士在內(nèi)的國(guó)家級(jí)重點(diǎn)人才15人、省部級(jí)人才稱(chēng)號(hào)獲得者40人。

學(xué)院擁有藥學(xué)和植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，制藥工程與技術(shù)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)；藥學(xué)、植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)以及制藥工程與技術(shù)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)；其中藥學(xué)為上海高校一流學(xué)科，農(nóng)藥學(xué)為上海市重點(diǎn)學(xué)科。學(xué)院擁有藥學(xué)、植物保護(hù)兩個(gè)博士后科研流動(dòng)站，設(shè)有生物與醫(yī)藥工程博士和工程碩士以及藥學(xué)專(zhuān)業(yè)碩士等專(zhuān)業(yè)學(xué)位點(diǎn)。

學(xué)院擁有制藥工程、藥物制劑、藥學(xué)三個(gè)本科專(zhuān)業(yè)。其中制藥工程專(zhuān)業(yè)起源于1953年建校初期設(shè)立的化學(xué)制藥（工學(xué)）專(zhuān)業(yè)，是國(guó)內(nèi)最早創(chuàng)辦的同類(lèi)專(zhuān)業(yè)；2008年1月入選教育部特色專(zhuān)業(yè)；2010年5月入選教育部首批“卓越工程師計(jì)劃”試點(diǎn)專(zhuān)業(yè)；2012年入選教育部專(zhuān)業(yè)綜合改革試點(diǎn)，同年獲批與上海醫(yī)藥集團(tuán)共建國(guó)家級(jí)工程實(shí)踐教育中心，并首家通過(guò)制藥工程專(zhuān)業(yè)國(guó)家工程教育專(zhuān)業(yè)認(rèn)證。已為我國(guó)制藥領(lǐng)域培養(yǎng)了大批工程師、企業(yè)家和科學(xué)家。2019年制藥工程專(zhuān)業(yè)和藥學(xué)專(zhuān)業(yè)獲準(zhǔn)進(jìn)入首批國(guó)家級(jí)一流本科專(zhuān)業(yè)建設(shè)行列 。    

自建院以來(lái)，學(xué)院累計(jì)承擔(dān)著國(guó)家自然科學(xué)基金、科技部973計(jì)劃、863計(jì)劃、衛(wèi)生部、總后勤部“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專(zhuān)項(xiàng)、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、教育部創(chuàng)新引智工程、國(guó)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、“重大新藥創(chuàng)制”科技重大專(zhuān)項(xiàng)等國(guó)家和省部級(jí)科研項(xiàng)目400余項(xiàng)。累計(jì)科研經(jīng)費(fèi)到款約4.5億元。已在Nature子刊、Cell子刊、PNAS, J. Am. Chem. Soc., Angew. Chem. Int. Ed., J. Med. Chem.等本領(lǐng)域國(guó)際頂級(jí)刊物發(fā)表研究論文60余篇，共計(jì)申請(qǐng)專(zhuān)利440余項(xiàng)，獲授權(quán)專(zhuān)利217項(xiàng)。已取得以國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)，教育部自然科學(xué)一等獎(jiǎng)，上海市自然科學(xué)一等獎(jiǎng)為代表的27項(xiàng)獲獎(jiǎng)科研成果。在成果轉(zhuǎn)讓方面，近五年來(lái)，已有2個(gè)農(nóng)藥創(chuàng)制品種獲得農(nóng)藥登記證并成功轉(zhuǎn)化，6項(xiàng)新藥轉(zhuǎn)讓項(xiàng)目合同金額超過(guò)1000萬(wàn)元，其中3項(xiàng)合同金額超過(guò)1億元。

       學(xué)院充分發(fā)揮海歸人才優(yōu)勢(shì)，積極開(kāi)展國(guó)際合作和學(xué)術(shù)交流活動(dòng)。學(xué)院自成立以來(lái)，已與加拿大多倫多大學(xué)藥學(xué)院、德國(guó)維爾茨堡大學(xué)藥學(xué)與食品化學(xué)研究所、英國(guó)阿爾斯特大學(xué)藥學(xué)院，英國(guó)薩里大學(xué)，新西蘭奧克蘭大學(xué)等建立了合作關(guān)系，與英國(guó)薩里大學(xué)，阿爾斯特大學(xué)，克蘭菲爾德大學(xué)等建立了3+1學(xué)生交流項(xiàng)目；并與英國(guó)牛津大學(xué)，美國(guó)康奈爾大學(xué)，英國(guó)鄧迪大學(xué)，英國(guó)伯明翰大學(xué)，加拿大不列顛哥倫比亞大學(xué)等建立了寒暑期短期交流項(xiàng)目；參與了法國(guó)化學(xué)工程師聯(lián)盟FGL3+3項(xiàng)目；先后邀請(qǐng)了美國(guó)新墨西哥大學(xué)、英國(guó)貝爾法斯特女王大學(xué)、日本京都大學(xué)、韓國(guó)明知大學(xué)等校的著名學(xué)者前來(lái)上課，并合作培養(yǎng)學(xué)生。負(fù)責(zé)承辦了多次國(guó)際學(xué)術(shù)研討會(huì)，提高了學(xué)院和學(xué)校的知名度。學(xué)院于2006年11月獲得教育部和國(guó)家外國(guó)專(zhuān)家局資助，建設(shè)學(xué)科創(chuàng)新引智基地（簡(jiǎn)稱(chēng)“111”計(jì)劃），并于2019年順利進(jìn)入升級(jí)版，獲得滾動(dòng)支持，為國(guó)際合作和科研創(chuàng)新提供了平臺(tái)。